Par une utilisation responsable, efficace et rigoureuse des fonds publics et dans le but d'offrir les meilleurs services à ses clientèles, une seule option de gouvernance a été retenue par le FRQS : une organisation professionnelle, souple et la moins coûteuse possible. Un modèle au Canada ! Une direction générale réduite chapeaute une direction administrative et une direction des affaires scientifiques et des programmes. Ces trois directions sont soutenues par un personnel qualifié et courtois et par des comités qui apportent leur expertise.

Le FRQS est dirigé par un conseil d'administration qui prend l'ensemble des décisions d'orientation et de programmation. Ce conseil est composé d'un président-directeur général, de 13 administrateurs et de 2 observateurs nommés par le gouvernement du Québec.

Par un esprit de rigueur et d'efficacité, et dans un souci de reddition de comptes, le C.A. du FRQS s'est doté de trois comités permanents :

Comité exécutif

Comité des finances

Comité d'éthique de la recherche et de l'intégrité scientifique

Au besoin, le pdg et la vice-présidente du FRQS mettent sur pied des comités aviseurs ad hoc sur des sujets jugés prioritaires :

Comité des affaires étudiantes

Comité de recherche clinique

Toutes les demandes de bourses et de subventions adressées annuellement au FRQS sont revues et analysées par des comités de pairs, des experts dans leur domaine respectif ! Ce système d'évaluation, qui a fait ses preuves, permet l'atteinte de l'excellence nationale et internationale. Ces quelques 500 évaluateurs bénévoles font un travail rigoureux et exceptionnel. Le FRQS tient à les remercier.