La recherche en santé traverse une époque importante de son histoire. Les responsabilités qui sont confiées au FRQS en la matière sont nombreuses ; elles exigent de la part de ses gestionnaires une vision englobante que l'ensemble des orientations choisies permettra de soutenir.

Aussi, compte tenu des changements majeurs observés dans le secteur de la recherche en santé, le FRQS juge prioritaire de concentrer ses efforts au renforcement de ses principaux lieux d'intervention. En privilégiant ce renforcement général, le FRQS souhaite ainsi assurer au Québec les conditions de succès de la recherche et de ses retombées et remédier aux lacunes qui freinent le développement de la recherche en santé au Québec.

Dans son plan stratégique 2007-2010, le FRQS a établi trois enjeux principaux comprenant chacun de deux à trois axes d'intervention :